A háború végével még a háborúnál is nehezebb helyzet köszöntött az egyházközségre. 1948-ban az iskolákat államosították, bár a kántorok még egy ideig végezték gyülekezeti szolgálatukat. Hamarosan világossá vált azonban, hogy ez már sokáig nem megy, hiszen a tanítók kenyerüket veszélyeztették, ha szolgálatot vállaltak és végeztek a gyülekezetben.
Az ötvenes évek jórész azzal teltek, hogy a gyülekezet megtalálja a megváltozott körülmények között is életlehetőségét. A tanítók munkájának kiesésével a lelkész munkája jelentősen megszaporodott. A filiai istentiszteleteket, a hitoktatást is ők végezték amíg lehetett.
Közben egyre nyilvánvalóbbá vált, hogy az utoljára az 1800-as évek végén felújított bobai templom újból renoválásra szorul. 1959-ben, a templom építésének 175. évfordulóját a gyülekezet azzal ünnepelte meg, hogy az addig fehérre meszelt templombelsőt Rács-Reich Imre celldömölki festőművész, festő-iparművész vállalkozóval kifesteti. Július-augusztusban hat héten keresztül folyt a munka, melynek során a falakon kívül az ajtókat, ablakokat, a karzat alját, valamint a padok előlapját is átfestették. A templom külső renoválását a gyülekezet az 1960. évre tervezte, de a megfelelő engedélyek (Állami Egyházügyi Hivatal) meg nem érkezése miatt a munkát csak 1961-ben tudták elvégezni. Újrabádogozták, festették a toronysüveget, villámhárítót szereltek, a templomfalak új vakolatot kaptak, esőcsatornát szereltek a tetőre. A munkákat szeptember 17-én fejezték be. Templomunk bejárata (torony alatti) mellet jobbra egy újabb évszámmal (1961) gyarapodott a falra, ajtókra írt évszámok sora. Hálaadó istentiszteletet a gyülekezet október 22-én tartott.
1970 május 12-én-én súlyos villámcsapás érte a templomot, tetemes anyagi kár keletkezett, kiszakadtak a falból a villanyvezetékek, megrongálódott az oltárkép, több helyen leszakadt a mennyezetvakolat, kitörtek az ablakszemek. Isten kegyelméből azonban tűz nem keletkezett az épületben. A villámcsapás okozta károk helyreállításához a gyülekezet haladéktalanul hozzálátott, és 1971-ben Mórotz László restaurátor az oltárképet is restaurálta.
Garam Zoltán 1979 tavaszán nyugdíjba vonult és feleségével együtt Budakeszin élő Gyöngyi lányához költözött.
A gyülekezet lelkészéül még ebben az évben Jankovics Bélát választotta. Az új lelkészcsalád érkezését a gyülekezet nagy örömmel és reménységgel várta. A lelkészlakást kívül belül felújították, miután – még 1977-78-ban – a vizet is bevezették. 1980 halottak napjára elkészült a templomkertben elhelyezett I. világháborús hősi emlékmű templom felőli oldalára az a márványtábla, amelyre a II. Világháborúban elhunytak neve került fel. Az emléktábla avatásakor mintegy hagyomány teremtő céllal halottakra, hősi halottakra emlékező ökumenikus istentiszteletet tartott községben élő három felekezet. Jankovics Béla 1982 tavaszán a kajárpéci gyülekezet meghívására elköltözött Bobáról.
A tavasztól őszig terjedő időszakban helyettes lelkész látta el a szolgálatokat a gyülekezetben, majd 1982 őszén a frissen végzett Nagyné Ferenczy Erzsébetet helyezte ki Dr. Nagy Gyula püspök lelkészi munkatársként a bobai gyülekezetbe. Férje a Celldömölki gyülekezetben segédlelkész lett, ennél fogva a celldömölki segédlelkészlakásban laktak így a bobai paplak hosszú évszázadok óta először üresen állt. Nagyné Ferenczy Erzsébet 1984 őszén kisgyermeket várt és így lemondott bobai lelkészi munkatársi állásáról.
Dr. Nagy Gyula püspök 1984. szeptember 1-jén Piri Magda, ugyancsak frissen végzett lelkészi munkatársat helyezte ki a gyülekezetbe szolgálatra a celldömölki lelkészek felügyelete mellett.
Templomunk 1984-ben ünnepelte építésének 200. évfordulóját. A gyülekezet ünnepi istentiszteletet szervezett szeptember 21-én, melyre meghívta Dr. Nagy Gyulát az Északi Evangélikus Egyházkerület püspökét, több egyházmegyei lelkész mellett jelen volt Garam Zoltán a gyülekezet volt lelkésze is.
A fiatal lelkészi munkatársat idekerülésekor Nemeskocsban már kész tervek várták a templom külső és belső felújítására. A munkát Józsa Márton nyugdíjas celldömölki lelkész irányítása mellett végezte el a gyülekezet. A templom hálaadó istentiszteletét 1985. szeptember 23-án Dr. Nagy Gyula püspök szolgálatával tartották meg.
1985-ben a Gyülekezeti Otthon tetejének cseréjére, 1987-ben pedig a külső felújítására, festésére került sor. 1988-ban az elkorhadt toronyablakokat cseréltette le újra a gyülekezet.
1987 júniusában az Egyetemes Közgyűlés határozata értelmében minden lelkészi munkatársként szolgáló női lelkészt a Budapest Deák-téri evangélikus templomban lelkésszé avatnak. Így megnyílt a jogi lehetőség arra, hogy Piri Magdát a gyülekezet lelkészéül megválassza. Az ünnepélyes beiktatásra 1987. július 23-án került sor Fehér Károly esperes szolgálatával. A frissen beiktatott lelkész a lelkészi munka különböző feladatai közül szívéhez talán legközelebb állónak a gyermekekkel való foglalkozást tartotta. Az iskolai hitoktatás megindulásáig péntek- és szombatonként gyermekbibliakörök keretében végezte a hitoktatás munkáját. 1989 szeptemberében aztán elindulhatott az iskolai hitoktatás, tág lehetőséget adva ezzel a fiatalokkal való foglalkozásnak.